人里から遠く離れたジャングルの奥地。厳しい掟で守られたポケモンたちの楽園、オコヤの森があった。

そこで仲間たちと暮らしていた頑固者のザルードは、ある日、川辺で人間の赤ん坊を見つける。

「ニンゲン、これが…」

見捨てられないザルードは、森の掟に反して、赤ん坊をココと名付け、群れを離れてふたりで暮らすことを決意する。

ポケモンが人間を育てる生活が始まって10年。ココは、オコヤの森にやってきたサトシとピカチュウに出会う。
初めてできた「ニンゲンの友達」。
自分のことをポケモンだと信じて疑わなかったココの胸の中に、少しずつ疑問が芽生え始める。

「父ちゃん、オレはニンゲンなの？」
自分はポケモンなのか？それとも人間なのか？悩むココだったが、ある日、招かれざる人間の足音が森に近づいてきて、平穏な日々が一変する——。