ニューヨーク。
ショーマンのヘクターは古びたペットショップで、魅惑の歌声を耳にする。
歌っていたのはなんと、一匹のワニだった。 ヘクターはそのワニのライルを相棒にしようとするが、
ライルのステージ恐怖症が判明し、ショーは大失敗。
ヘクターは去り、取り残されたライルはたった一匹、 アパートの屋根裏に隠れ住むのだった。
ヘクターが残していった音楽プレーヤーを握りしめて…。

長い月日が経ったある日、ひとりの少年と家族がライルの潜む家に越してくる。
その少年ジョシュもまた、ライルと同じく心に深い孤独を抱えていた。
ジョシュを前に再びゆっくりと歌い始めるライル。
やがてふたりは、歌を通して心通じ合わせていく……。