ニューヨークに暮らす青年ノアは、ある日謎めいた車に閉じ込められる。車は警察とカーチェイスを繰り広げたあげく、ロボット生命体“トランスフォーマー”へと変形する。青年とトランスフォーマーの出会いは、ペルーのマチュピチュに潜むビースト型トランスフォーマー、そして、惑星規模の大災害を引き起こそうとする勢力テラーコンを巻き込み、人類滅亡を賭けた史上最大の決戦の始まりとなるのだった。