怪獣と人類が共生する世界で、未確認生物特務機関：モナークが察知した異常なシグナル。
交錯する＜地上世界／ゴジラテリトリー＞と＜地下空洞／コングテリトリー＞。
ついに一線を越える＜王（ゴジラ）＞と＜王（コング）＞の激突のその先には、我々人類が知る由もなかった未知なる脅威が待ち構えていた。「ＶＳ」ではなく「×」、そして［新たなる帝国］が意味するものとは？世界は今、目撃する――。