現代に恐竜をよみがえらせた一大テーマパーク“ディノズアイランド”が東京にオープン！
子どもも大人も恐竜にムチュ～！世はまさに恐竜フィーバー！！
しんのすけたちはその頃、シロが出会った小さな恐竜“ナナ”と、特別な夏を過ごしていた。
「シロともこうやって、家族になっていったんだなぁ…」と、新たな絆も生まれる野原一家。
そんなナナを巡って、アンビリ～バボ～な争奪戦がスタート！
ディノズアイランドをオープンさせたバブル・オドロキーは、あの手この手でナナの居場所を探す。
「ある秘密」がバレる前に…。

しんのすけは、ナナの秘密を知るビリーと出会い、一緒に行動することに。
しかし！！そんな中、トラブルが起きて恐竜たちが大脱走！東京で！カスカベで！大暴れ！
ビルを破壊し、車をなぎ倒して、しんのすけとシロに迫り来る大ピンチ！
ローンがまだ３２年残る野原家も、恐竜に踏みつぶされ、ひろしは男泣き。
ひと夏を一緒に過ごした、ナナの秘密とは？
しんのすけとシロ、カスカベ防衛隊が、ナナを守るために東京・渋谷で大奮闘！
超巨大恐竜に立ち向かった先に、笑いと涙が止まらないクライマックスが待ち受ける！