最強じゃない　ヒーローじゃない　でも、やるしかない
アベンジャーズに代わって世界を救え！

NYの街に突如として現れた大きな黒い影。瞬く間に市民を消し去っていく謎の敵により、世界は再び大きな脅威と直面する。しかし、数々の敵から世界を救ってきたアベンジャーズは、そのピンチに姿を現さない。謎多きCIA長官のヴァレンティ－ナは、誰がこの脅威から世界を救うのかを問いかけるが、絶望の中立ち上がったのは、かつてヒーローと対立したバッキー・バーンズだった。彼が仲間に誘ったのは、エレーナ、USエージェント（ジョン・ウォーカー）、レッド・ガーディアン（アレクセイ）、ゴースト、そしてタスクマスター（アントニア・ドレイコフ）。そこにボブと名乗る謎の男も加わり…

ヒーローじゃない彼らは、誰も空を飛べず、戦闘手段は肉弾戦のみ。好戦的な性格の彼らはチームを組むも、エレーナは突如ジョンに銃を連射し、さらに悪役のようにビルを爆破し、敵を拘束して拷問を始めてしまうなど、ヒーローとは程遠い姿が映し出される…チーム「サンダーボルツ」は本当に、この脅威から世界を救うことはできるのか？