大切な親友プペルを失い、悲しみに暮れていた少年・ルビッチ。しかし、信じて待つことを諦め、前に進みだそうとしていた彼はある日、時を支配する異世界“千年砦”へと迷い込んでしまう。
時を刻まなくなった時計は処分されるこの世界で壊れてないのに、11時59分で止まっている不思議な時計台があった。ルビッチが元の世界に戻る唯一の方法は、「止まってしまったこの時計台を動かす」こと――。
相棒モフと共に時計台の謎を追うルビッチはやがて、100年間約束を信じて待ち続ける男・ガスと出会い、人に化けた植物ナギの叶わぬ約束の物語を知る。
ルビッチがもう一度“信じる勇気”を取り戻したとき、ハロウィンの夜に奇跡が起こる。