ある夏の日、日本各地では奇妙な怪奇現象が相次いで目撃され、世間を賑わせていた。
そんな中、帰省で秋田県のひろしの実家へ向かうことになった野原家。
旅の支度をする中、呑気に妖怪ごっこを楽しんでいるしんのすけの姿を、庭の物陰からこっそりと覗いている怪しい影が―。
久しぶりの帰省と花火大会を楽しみにしていた野原家は、祖父・銀の介の家で穏やかなひとときを過ごしていた。
ところが、秋田に到着した翌朝、不可解な事件が起きる！
しんのすけたちが泊まっていた部屋中に【おばけーしょん村】のチラシがバラ撒かれていたのだ。
「チョコビたべほーだい！」の文字が躍るチラシに大興奮のしんのすけに頼まれ【おばけーしょん村】へ行くこととなった野原家一同。
変わりつつある秋田の風景を眺める道中、人里離れた山奥に入るにつれて、奇妙な空間に迷い込んでしまう…。
そこは人間が立ち入ることを禁じられた【妖怪の国】への入り口だった！
【妖怪の国】で野原家史上最大！？のピンチに見舞われるしんのすけたちは無事、人間界へ戻ることができるのか？
野原家と愉快な妖怪たちが出会う不思議な夏の大冒険が幕を開ける！！