電脳化やサイボーグの技術が飛躍的に進んだ近未来。内務省直属の「公安9課」に所属する草薙素子は、認定プログラマーの他国への亡命に関わった外交官暗殺の任務を遂行し、亡命を未然に阻止した。後日、外務大臣の通訳が電脳をハッキングされる事件が起き、他人の電脳をゴーストハックして人形のように操る国際手配中の凄腕ハッカー「人形使い」の犯行である可能性が浮上。素子、バトー、トグサら公安9課のメンバーは捜査を開始する。