新宿・歌舞伎町で生きる刑事・矢吹恭二（小栗旬）は、
裏社会に精通し、ドラッグやギャンブルに溺れ、ヤクザから命を狙われ、
相棒殺しの噂まである最悪の刑事＝“バッド・ルーテナント”。

毎日借金取りに追い立てられる中、ヤクザを狙った連続猟奇殺人事件が発生する。
捜査開始早々、遺体の入れ墨から身元を割り出し、
一人の容疑者・石塚満（間宮祥太朗）を特定する矢吹。

そんな彼の前に、アメリカから来日した
FBI捜査官グエン（リリー・ジェームズ）が現れる。
日本で行方不明となった次期大統領の娘（リヴ・モーガン）捜索のため、
グエンとタッグを組まされることになる矢吹。

歌舞伎町で次々に起こる凶悪殺人事件とグエンが追う失踪事件。
無関係に見えた２つの事件は、やがてこの街の最深部で複雑に絡み合っていく。

正義と悪の境界線が崩れ落ちるとき、彼らが最後に目にするものは、
絶望か、それとも――。